ノートブックの使い方に決まったルールはありません。まさに好きなように使うのがいちばんですが、ここでは私のやり方を一例としてご紹介します。私の場合、まずは「テキスト」と「（スキャンした）紙データ」で大まかに分けています。紙データはさらに「名刺」と「資料」、テキスト類は「個人用」と「仕事用」、さらにプロジェクト単位で適宜ノートブックを増やしています。また、現在のEvernoteはノートブックの共有機能が強化されたので、誰かと共有するために新しくノートブックを作成することも増えてきています。

複数のノートブックがあるとき、新規ノートをどのノートブックに作成するのか選択できます。このとき初期値として設定され、何もしなければそのノートブックに作成されるのが「デフォルトのノートブック」です。最初はアカウント作成時のノートブック「（ユーザーネーム）のノートブック」が設定されています。

複数のノートブックのうちのいずれかが選択されている場合、ノートの一覧の表示や検索は、選択したノートブックだけを対象に行われます。ノートブックを限定せずに全部のノートの一覧を見たり、全体から検索を行いたい場合には、［全てのノート（Mac版では［全ノートブック］）］を選択した状態で行います。目的のノートが見つからない場合などは、別のノートブックを選択した状態になっていないか確認しましょう。

ノートブックを削除すると、そのノートブック内のノートがすべて削除される（ごみ箱にも残らず消えてしまいます）ので注意が必要です。必要なノートは、あらかじめ別のノートブックに移動しておきましょう。

ノートブックを作成する際に［同期ノートブック］ではなく［ローカルノートブック］をクリックすると、サーバーと同期しないノートブックを作成できます。Evernoteに取り込んで管理したいけれど容量が大きすぎるファイル（ローカルノートブックはサーバーと同期しないため、容量の制限はありません）や、個人情報などの慎重に取り扱うべき情報を管理したいときに、ローカルノートブックは役立ちます。なお、ローカルノートブックから他の同期ノートブックにノートを移動すると、そのノートは同期されるようになります。