標準ではiCloudのすべての機能がオンになりますが、利用したくない機能がある場合は、個別にオフに設定できます。

例えば、iPhoneとiPadでメールと連絡先は同期したいけれど、メモやSafariのブックマークは同期したくないという場合は、[設定]-[iCloud]の画面でそれぞれの機能をオフにします。

このとき、同期していたデータをiPhoneに残すかどうかを確認されますが、iPhoneから削除してもiCloudにはデータが残るため、再度機能をオンにすればデータがiPhoneに戻ります。