メニューを表示せず、すぐにペンで書き込みしたいで解説しているように、スライドショーの実行中にマウスでスライドに書き込みができますが、スライドのテーマに関係なく、ペンの色には赤が設定されています。

スライドショーの途中でペンの色を変更できますが、事前にペンの色を変更しておく方がスムーズです。