ノートブックの使い方は人それぞれですが、筆者は主に情報を大まかに分類することを目的として、情報の種類別に「テキスト」「スキャンした画像」「名刺」の3種類と、内容別の「個人用」「会社関係」の2種類のノートブックを設けて整理を行っています。この他に、たずさわっているプロジェクトごとのノートブックを適宜作成していきます。

複数のノートブックのうちのいずれかが選択されている場合、ノートの一覧の表示やノートの検索は、選択したノートブックだけを対象に行われます。［すべてのノートブック］は、ノートブックを限定せずに全部のノートの一覧を見たり、全体から検索を行いたい場合に選択し、利用します。

複数のノートブックがあるとき、新しいノートを作成する際には、どのノートブックに作成するかを選択できるようになります。このときに初期値として設定され、何もしなければ常にそのノートブックに作成されるようになるのが「既定のノートブック」です。最初はアカウント作成時のノート「（ユーザー名）'s notebook」が既定になっていますが、65ページの手順2 で［このノートブックを既定にする］をチェックすると、そのノートブックが既定に変更されます。既定のノートブックは、雑多な用途で使うことになります。汎用のノートブックを設定しておきましょう。

Windows版ソフトでは、ノートブックは必ず名前順に表示されます。自分の好きな並び方に変更したい場合は、ノートブック名の前に通し番号を入れ「01 仕事用」「02プライベート用」のようにすると、番号の小さい順に並べられます。Mac版ソフトでは名前順の表示に加え、ノートブックを右クリックして［Sort by NoteCount］をクリックすることで、ノートブックに含まれるノートの数順で並べ替えることもできます。ノートの数が多い＝使用頻度の高いノートブックだと考えられるため、これは理にかなった並べ替え方だと言えるでしょう。

ノートブックを削除すると、そのノートブック内のノートがすべて削除される（ごみ箱にも残らず消えてしまいます）ので注意が必要です。必要なノートはあらかじめ移動しておきましょう。