ホットキーとは、ソフトの操作をキーの組み合わせによって行う機能で、「ショートカット」とも呼ばれます。マウスでメニューを操作するよりもホットキーを押すだけの方が圧倒的にすばやく操作ができ、作業効率のアップにつながります。Windows版ソフトではスクリーンキャプチャーの他、新規ノートの作成、検索などの操作をホットキーで利用できます。なお、これらを利用するためにはあらかじめEvernoteを起動しておき、通知領域にアイコンが表示された状態にしておく必要があります。ホットキーに使用するキーは、自分が使いやすいものに変更できます。

Mac版ソフトではWindows版ソフトのホットキーに相当する機能を「ショートカット」と呼びます。Mac版ソフトの［Evernote］-［環境設定］-［ショートカット］をクリックするとショートカットの内容の確認やカスタマイズができ、利用できる機能はWindows版ソフトと少し異なります。新規ノート、検索は同様ですが、スクリーンキャプチャーに相当するのは［選択部分かウィンドウをクリップ］で、デスクトップ全体をキャプチャーする［フルスクリーンをクリップ］は別の機能となります。また、Mac版ソフトでのショートカットは、メニューバーに象のアイコンが表示されている状態のときに利用可能です。なお、［環境設定］で［クリップ］をクリックすると、スクリーンキャプチャーとWebクリップの保存先となるノートブックや、クリップ時のソフトの動作について詳細な設定ができます。