GALAXY NEXUSはプラットフォームとして、Androidの最新バージョンであるAndroid 4.0を搭載しています。Androidマーケットには多数のアプリが掲載されていますが、現時点では、その多くは以前のバージョンのAndroid端末向けに開発されています。基本的にはそれらのアプリもGALAXY NEXUSで問題なく利用できますが、一部のアプリはインストールしても正常に動作しないことがあるので、注意しましょう。Androidマーケットのアプリ紹介やアップデート履歴に「Android 4.0」、あるいは「Ice Cream Sandwich」（Android 4.0の開発コード名）に対応と書かれているアプリは、Android 4.0向けに開発されているので、安心して使うことができます。また、従来のAndroidスマートフォン向けに開発されたアプリは、ホームキーなどの右側にメニューキーが表示され、そのメニューキーを使った操作も多いなど、操作性が少し違っているので、注意しましょう。